Interpro 数据库介绍

InterPro是一个数据库,其提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族,同时还预测了presence of domains和important sites。为了将蛋白分类,InterPro使用先验模型,整合了不同的数据库形成一个整体 而InterProScan则是一款可以使用InterPro数据库的软件(more information about InterProScan)

至于Why is InterPro useful? and Who uses InterPro?则可以查看下述网址InterPro

Interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测
Interpro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释;而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的。
所以总而言之,就是对蛋白序列或者核酸序列通过这几个数据库的整合信息进行注释。

Interpro 数据库每两个月更新一次
Interpro 的成员数据库包括:
CATH-Gene3D
CDD
MobiDB
HAMAP
PANTHER
PIRSF
PRINTS
ProDom
PROSITE
SFLD
SMART
SUPERFAMILY
TIGRFAMS
Pfam

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