网络不好如何装包,本地安装方法和注意事项
1.R包正规军:大多数的包可以被镜像解决
R包正规军有两支部队,一支是CRAN,是R语言官方网站,各种方向都有。一支是Bioconductor,生信专属。
在装包之前运行这两句代码,安装R包的函数就会自动从镜像网站下载:
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
镜像网站相当于主网站的副本,访问主网站存在障碍时,访问镜像网站也可。
存放R包的网站位于国外,选择国内的镜像可加快访问速度。
就可以快到飞起!
举两个栗子
cran的
install.packages("tidyr")
bioconductor的
BiocManager::install("limma")
2.正规军里的特殊兵
一种是被淘汰了的
一种是跑的太快的
为什么跑的太快也算特殊呢?
因为这个包只支持4.4,如果你还用着4.3,那就不能方便的用install.packages来安装。
你说那我更新R语言版本不就好了吗?
是呀,那不是懒得更新吗,补补还能用。
不管是太旧还是太新,都可以参考下面链接里的Matrix包,方法是一样的:https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/blp0xy/rr54tq5obxhgt06b
3.github游击队
正常的在线安装也还算方便,例如
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1")
括号里写包的作者的用户名加包名,可以在网页山很轻松的查到
但是遇到网络问题就装不了了。因为是非正规军,所以耶没有镜像,如果下载太慢的话那就按照我这里教的来:
https://github.com/xjsun1221/tinyarray
Click the green button "code" on this page, then click "Download ZIP" to download it to your working directory. Install it with devtools::install_local("tinyarray-master.zip",upgrade = F,dependencies = T).
不论是github的本地安装还是cran的特殊包的安装,都不如正规军丝滑,有的依赖包不能自动安装,需要自己看报错信息“缺啥补啥”,安装报错的R包。