linux环境下的软件安装

一、给服务器下载linux的应用商店——精华版miniconda

1.复制下载地址Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.登陆服务器，进入biosoft目录
cd ~/biosoft
3.下载
wget+粘贴链接地址
复制粘贴采用鼠标左右键而不是ctrl+c和ctrl+V

二、安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
程序让你enter就enter，让你yes就yes

三、激活conda

source ~/.bashrc

四、添加镜像：

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，由于conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

五、开始使用conda下载安装/卸载软件啦

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list
1. 搜索conda软件 conda search 软件名称
3.安装软件 conda install 软件名称 -y
4.卸载软件conda remove 软件名称 -y

六、对于不同项目需要配置不同环境

查看当前conda有哪些环境(前面带*的就是默认的)
conda info --envs
建立新环境并在此环境下安装软件

建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，并且安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

激活新环境conda activate rna-seq
退出当前环境conda deactivate

今日小结

day3——linux环境下的软件安装.png

练习记录

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学习小组Day-3笔记——辣辣酱