TCGA数据库下载正常样本

最近因为一些需求在研究TCGA数据库。关于TCGA数据库数据下载,随便搜搜就有很多文章,方法多样,可以通过R包也可以通过TCGA提供的官方下载器gdc-client。但是下载数据的时候,我突然发现,诶,怎么下载正常样本?本文介绍如何在数据库中搜索正常样本。

首先打开TCGA官网,点击Access to Data。

Access to Data

选择Repository

Repository

点击左侧的Cases

Cases

下方有一行“Add Cases/Biospecimen Filter”,点击该蓝色字。
搜索‘"samples.sample_type’,可以看到它的描述是:Text term to describe the source of a biospecimen used for a laboratory test.

image.png

添加该filter后你就能看到许多分类,包括tumor和normal:

samples.sample_type

最后你可以选择你需要的正常样本,导出他们的sampleID进行下载。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容