2022-02-27 提取某一基因的表达值到metadata中

提取某一基因的表达值到metadata中

expr <- sce@assays$RNA@scale.data
gene_name <- c("CXCL10")  # CXCL10, 这里需要修改为目标基因
gene_expression <- expr %>% 
 .[gene_name,] %>% 
 #t() %>% 
 as.data.frame()
colnames(gene_expression) <- paste0(gene_name)
identical(colnames(sce),row.names(gene_expression))
sce$CXCL10 <- gene_expression[,paste0(gene_name)]  # CXCL10, 这里需要修改为目标基因
identical(sce@meta.data[,paste0(gene_name)],gene_expression[,paste0(gene_name)])
meta <- sce@meta.data
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容