Linux 安装R

Linux系统:Ubuntu18.04 x86_64,系统具体的型号查看:

uname -a

Windows系统中安装R比较简单,傻瓜式安装即可,但是在Linux系统中本地安装R非常繁琐,坑比较多总会提示缺少各种包;可以先尝试这两个教程:
Ubuntu18.04与Ubuntu20.04 下快速安装R 与rstudio - 简书 (jianshu.com)
(1条消息) 服务器ubuntu 18.04安装RStudio Server(安装最新版r-base 4.1.1)_r4.1.1对应的rstudio_hyena_7的博客-CSDN博客

如果不行的话只能本地安装。

首先找到R的安装包:
Index of /CRAN/src/base/R-4/ (ustc.edu.cn)
可以选择其中一个版本的,然后在Linux中解压安装包

tar -zxvf R-4.2.0.tar.gz
cd R-4.2.0
sudo ./configure  --enable-R-shlib=yes --with-x=yes --with-readline=yes
sudo make
sudo make install

然而在第一步

sudo ./configure  --enable-R-shlib=yes --with-x=yes --with-readline=yes

会遇到很多问题,主要是在configure checking的时候缺少各种安装包。文件夹下面的configure文件也可以下载下来打开自己看,不过很长也不太看得出问题,一般是报什么错解决什么问题;

比如像下面这样就是bzip2没有安装:

checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required

下载bzip2安装包:
Index of /pub/bzip2 (sourceware.org)
然后打开并安装

tar -zxvf bzip2-latest.tar.gz
cd bzip2-1.0.8
sudo make -f Makefile-libbz2_so
## 需要先修改Makefile其中两行。
vim Makefile
CC=gcc -fPIC
CFLAGS=-Wall -fPIC -Winline -O2 -g $(BIGFILES)

如下图所示,添加了-fPIC

image.png

然后接着装bzip2

sudo make
sudo make install

上面的命令可能还是会报错,可能会提示缺少包,安装一下就行

sudo apt-get install xxx

再回到R的安装,重新运行:

sudo ./configure  --enable-R-shlib=yes --with-x=yes --with-readline=yes

还是有报错:

configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support

缺少pcre的包,还是重复上面的安装步骤,下载:

  1. https://nchc.dl.sourceforge.net/project/pcre/pcre/8.42/pcre-8.42.tar.gz
  2. http://www.pcre.org/

然后:

tar -zxvf pcre-8.42.tar.gz
cd pcre-8.42
sudo ./configure
sudo make
sudo make install

如果还是有问题的话试试:

sudo apt-get install pcre-devel

如果安装成功的话可以打印 pcre的版本:

pcre-config --version

不过要注意的是pcrepcre2是有区别的,也有的地方装的是pcre2
linux 中安装 pcre2库 - 小鲨鱼2018 - 博客园 (cnblogs.com)

安装完之后,继续运行:

sudo ./configure  --enable-R-shlib=yes --with-x=yes --with-readline=yes

还是有报错:

configure: error: "liblzma library and headers are required"

缺少liblzma包;

wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.4.tar.gz
tar -zxvf xz-5.2.4.tar.gz
cd xz-5.2.4/
sudo ./configure
sudo make
sudo make install

或者也可以用:

 sudo apt-get install liblzma5

之后继续运行./configure xxx
还有报错:

configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

需要安装libcurl

wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz
tar -zxvf curl-7.61.0.tar.gz
cd curl-7.61.0/
sudo ./configure
sudo make
sudo make install

安装成功后查看libcurl的版本:

curl -V

最后终于没有报错了:

sudo ./configure  --enable-R-shlib=yes --with-x=yes --with-readline=yes
sudo make
sudo make install

安装完成,查看版本:

R --version

另外,安装过程中,卸载某一个包:

sudo apt remove xxx

最后查看是否安装成功并查看安装的位置:

R
> .libPaths()
image.png

完结撒花🌼🌼🌼

Reference

所有问题

史上最麻烦的linux下R源码安装(有/无root权限) - 简书 (jianshu.com)
Ubuntu18.04与Ubuntu20.04 下快速安装R 与rstudio - 简书 (jianshu.com)

pcre相关

linux 中安装 pcre2库 - 小鲨鱼2018 - 博客园 (cnblogs.com)
Linux 安装 pcre - 水车 - 博客园 (cnblogs.com)

补充

由于是服务器安装,所以可以再安装一个Rstudio Sever用于远程使用:

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2021.09.0-351-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2021.09.0-351-amd64.deb

安装之后就直接启动了Rstudio Sever,打开只需要在浏览器中输入:

IP:8787

即可远程使用服务器中的Rtudio

再次补充:

Rtudio中安装一些R包的时候,比如:

install.package('xlsx')

发生了错误,提示和Java相关;
需要安装一下Java并配置一下环境:
安装包:Java Downloads | Oracle
下载之后,先创建安装位置,然后解压到安装位置:

sudo mkdir /usr/local/java/
tar xvf xxx.tar.gz -C /usr/local/java

环境和配置:


image.png
vim ~/.bashrc
xxx
source ~/.bashrc

也可以在/etc/profile里面在配置和激活一下;
验证安装是否成功

java -version

然后配置JAVAR

sudo R CMD javareconf

如果上面还是不行的话可以试试:
R语言学习:Linux系统安装rJava包,ML实验数据集,查看安装的R包,Shiny书籍,绘制组间均值和置信度图形 - 知乎 (zhihu.com)

sudo apt-get install -y default-jre
sudo apt-get install -y default-jdk

具体安装R的包,建议先在Ubuntu Ternimal中打开R并安装相应的包,可以看到具体的报错信息:

R
> install.package('rJava')
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 219,039评论 6 508
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 93,426评论 3 395
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 165,417评论 0 356
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,868评论 1 295
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,892评论 6 392
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,692评论 1 305
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,416评论 3 419
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 39,326评论 0 276
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,782评论 1 316
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,957评论 3 337
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 40,102评论 1 350
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,790评论 5 346
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,442评论 3 331
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,996评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 33,113评论 1 272
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 48,332评论 3 373
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 45,044评论 2 355

推荐阅读更多精彩内容