前言
对于经常在服务器上跑程序或安装程序的朋友，不可避免的会遇到一些问题。
其中最常见的问题就是，像下面这样
version `GLIBC_2.23' not found
version `GLIBC_2.15' not found
glibc 库找不到的问题，当然也可能会有其他库找不到的问题。
那出现这种问题该怎么办呢？
常用解决方案
针对这一问题，网上搜索的答案大部分都是分为以下几步
安装高版本的 glibc
显然，没有这个库，当然先要在环境中安装这个库才行，比如我要安装 glibc-2.23
- 下载
http://ftp.gnu.org/gnu/libc/
选择对应的版本并下载，如 libc-2.23.tar.gz
- 解压
$ tar -zxf glibc-2.23.tar.gz
- 生成配置文件
$ cd glibc-2.23
$ mkdir build && cd build
$ ../configure --prefix=LIB_DIR
可以用 --prefix=LIB_DIR，LIB_DIR 为你要将 glib 安装到的路径
通常非 root 用户权限无法安装到默认的 /usr/local 目录下，需要自己手动指定
- 安装
$ make
$ make install
等会吧，这个安装还蛮久的。来杯咖啡，静等安装成功就行。
问题：
如果在 ../configure 这一步出现了问题，比如我出现 ld 版本太低的错误
*** These critical programs are missing or too old: as ld
也不用着急，再安装个较高版本的 binutils 就行。
这个怎么安装？类似上面的 1-4 步重新来一遍就行。一般像这种 C 库的安装过程都是这样的，挺简单的，只是通常抛出的异常是不简单的 (•̩̩̩̩＿•̩̩̩̩)。
- 配置环境
安装完成后，大多数的答案都是将下面的命令添加到 ~/.bashrc 文件中
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:your glibc path
然后，执行
source ~/.bashrc
但是这又会引入另一个问题更严重的问题。
glibc 是 Linux 系统中最底层的 API，几乎其他所有的库都会依赖它。
因此当你更新了较高版本的 glibc 时，底层的库依赖的还是低版本的 glibc 库，因此可能会导致系统的严重故障。
我当初就是信了这些鬼话，添加到了环境变量中，导致几乎所有的命令都无法使用。运行命令或脚本也会出现
Segmentation fault
最后的解决办法就是将 ~/.bashrc 文件中的
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:your glibc path
删除之后，才恢复原状。
那如何解决呢，一种方法就是每次运行之前，在终端临时将 glibc 的路径添加到 LD_LIBRARY_PATH 变量中，但是这非常麻烦。
下面，我们介绍一款神器
PatchELF
PatchELF 是一个用于修改现有 ELF 可执行文件和库的简单实用程序
ELF: 可执行与可链接格式（Executable and Linkable Format），常被称为 ELF 格式。
既然它能够更改可执行文件，那么我们就可以直接将可执行文件需要加载的 glibc 库的路径修改为我们刚才安装的路径。
这样就可以在既不需要添加环境变量，也不需要手动加载临时变量的情况下使用。
下面，我们先安装这个工具
1. 安装
- 下载
https://github.com/dxsbiocc/patchelf
先从 GitHub 上下载源码
- 配置环境
./bootstrap.sh
./configure
- 安装
make
make check
make install
2. 使用
- 查看参数
$ patchelf
syntax: patchelf
[--set-interpreter FILENAME]
[--page-size SIZE]
[--print-interpreter]
[--print-soname] Prints 'DT_SONAME' entry of .dynamic section. Raises an error if DT_SONAME doesn't exist
[--set-soname SONAME] Sets 'DT_SONAME' entry to SONAME.
[--set-rpath RPATH]
[--remove-rpath]
[--shrink-rpath]
[--allowed-rpath-prefixes PREFIXES] With '--shrink-rpath', reject rpath entries not starting with the allowed prefix
[--print-rpath]
[--force-rpath]
[--add-needed LIBRARY]
[--remove-needed LIBRARY]
[--replace-needed LIBRARY NEW_LIBRARY]
[--print-needed]
[--no-default-lib]
[--output FILE]
[--debug]
[--version]
FILENAME...
- 参数描述
| 参数 | 描述 |
|---|---|
| --set-interpreter FILENAME | 设置动态库解析器 |
| --page-size SIZE | 设置页大小 |
| --print-interpreter | 打印解析器 |
| --print-soname | 打印 DT_SONAME |
| --set-soname SONAME | 设置 DT_SONAME |
| --set-rpath RPATH | 设置 RPATH |
| --remove-rpath | 删除 RPATH |
| --shrink-rpath | 收缩 RPATH |
| --allowed-rpath-prefixes PREFIXES | 添加允许的 RPATH 前缀 |
| --print-rpath | 打印 RPATH |
| --force-rpath | 强制使用 RPATH |
| --add-needed LIBRARY | 添加需要的动态库 |
| --remove-needed LIBRARY | 删除需要的动态库 |
| --replace-needed LIBRARY NEW_LIBRARY | 替换动态库 |
| --print-needed | 打印需要的动态库 |
| --no-default-lib | 不链接默认的动态库 |
| --output FILE | 输出文件 |
| --debug | 输出调试信息 |
| --version | 打印版本信息 |
patchelf 的主要功能与动态库解析器、RPATH 以及动态库有关。
- 使用方式
- 更改可执行文件的动态库解析器
$ patchelf --set-interpreter /lib/my-ld-linux.so.2 my-program
- 更改可执行文件和库的RPATH
$ patchelf --set-rpath /opt/my-libs/lib:/other-libs my-program
- 收缩可执行文件和库的RPATH
$ patchelf --shrink-rpath my-program
该命令会删除可执行文件中所有不包含 DT_NEEDED 字段指定的库的路径。
例如：
一个可执行文件引用一个库 libfoo.so，它的 RPATH 是 /lib:/usr/lib:/foo/lib，而 libfoo.so 只能在 /foo/lib 中找到，那么新的 RPATH 将是 /foo/lib
其中 RPATH 指定的是可执行文件的动态链接库的搜索路径
- 删除动态库上声明的依赖项(
DT_NEEDED)，可多次使用
$ patchelf --remove-needed libfoo.so.1 my-program
- 添加动态库上声明的依赖项(
DT_NEEDED)，可多次使用
$ patchelf --add-needed libfoo.so.1 my-program
- 替换动态库声明的依赖项(
DT_NEEDED)，可多次使用
$ patchelf --replace-needed liboriginal.so.1 libreplacement.so.1 my-program
- 更改动态库的
SONAME
$ patchelf --set-soname libnewname.so.3.4.5 path/to/libmylibrary.so.1.2.3
- 示例
我有一个 msi 分析的可执行文件 msisensor-blood
在终端执行时，出现错误
$ ./msisensor-blood
./msisensor-blood: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.23' not found (required by ./msisensor-blood)
./msisensor-blood: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.15' not found (required by ./msisensor-blood)
./msisensor-blood: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./msisensor-blood)
从输出信息可以看出，需要两个库
-
glibc-2.15的libc.so.6库 -
glibc-2.23的libm.so.6库
首先， 我们用 ldd 命令列出其动态库依赖关系
./msisensor-blood: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.23' not found (required by ./msisensor-blood)
./msisensor-blood: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.15' not found (required by ./msisensor-blood)
./msisensor-blood: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./msisensor-blood)
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffc75beb000)
libz.so.1 => /home/dengxs/software/zlib-1.2.11/lib/libz.so.1 (0x00007f7594351000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00000033dee00000)
libstdc++.so.6 => /home/dengxs/software/anaconda3/lib/libstdc++.so.6 (0x00007f75941c4000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00000033de600000)
libgomp.so.1 => /home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgomp.so.1 (0x00007f7594196000)
libgcc_s.so.1 => /home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1 (0x00007f7594182000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00000033de200000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00000033dde00000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00000033df200000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00000033dea00000)
OK！就是把下面两个动态库替换掉
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6
...
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6
更换 libm.so.6 的路径
patchelf --replace-needed libm.so.6 /home/dengxs/software/glibc-2.23/lib/libm.so.6 msisensor-blood
更换 libc.so.6 的路径
patchelf --replace-needed libc.so.6 /share/software/glibc/2.15/lib/libc.so.6 msisensor-blood
再看下动态库列表
$ ldd msisensor-blood
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffde0199000)
libz.so.1 => /home/dengxs/software/zlib-1.2.11/lib/libz.so.1 (0x00007f6a786df000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00000033dee00000)
libstdc++.so.6 => /home/dengxs/software/anaconda3/lib/libstdc++.so.6 (0x00007f6a78552000)
/home/dengxs/software/glibc-2.23/lib/libm.so.6 (0x00007f6a7844b000)
libgomp.so.1 => /home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgomp.so.1 (0x00007f6a7841d000)
libgcc_s.so.1 => /home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1 (0x00007f6a78409000)
/share/software/glibc/2.15/lib/libc.so.6 (0x00007f6a78062000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00000033dde00000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00000033df200000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00000033dea00000)
OK，已经替换成功了
接下去看看能不能直接运行
$ ./msisensor-blood
Program: msisensor-blood (homopolymer and miscrosatelite analysis using cfDNA bam files)
Version: v0.1
Author: Beifang Niu && Kai Ye
Usage: msisensor-blood <command> [options]
Key commands:
scan scan homopolymers and miscrosatelites
msi msi scoring
没问题，一切顺利。(＾∀＾)ﾉｼ
