pymol确定蛋白接触表面氨基酸

1. fetch 6M0J

2. 去掉水分子和其他无关原子

3. h_add #加氢

4. flag ignore, none # 作用未知

5. set dot_solvent, on # 溶剂可及表面积

5. set dot_density, 3 # 可在1-4取值，默认为2；

6. get_area 6M0J, load_b=1 # 将各原子的溶剂可及表面积 放入b-factor

7. alter 6M0J, q=b # 将Occupanch那一栏也赋值为b栏

8. extract spike, 6M0J in chain E # 具体是哪一个chain，需要预先确认

9. extract ace2， 6M0J in chain A

10. get_area spike, load_b=1

11. get_area ace2, load_b=1

12. alter spike, b=b-q # 如果是接触面氨基酸，此值大于0

13. alter ace2, b=b-q # 同上

14. show 两条链为surface，然后颜色为spectrum里的b-factor # 可以看到接触面氨基酸为彩色，而其他为蓝色

15. select key_atom, b>5 in spike  #这一步会选择spike序列中b-factor大于5平方埃的原子

16. 显示sequence，可以看到接触面的氨基酸残基被高亮  

另一种更简单的方法，用别人已经写好的python script： InterfaceResidues

参考网址：https://pymolwiki.org/index.php/InterfaceResidues

1. file→run scripts

2. fetch 6M0J

3. 去掉水分子和其他无关原子

4. interfaceResidues 6M0J, chain A, chain E