线粒体基因注释以及环图生成2025-03-13

应对缺失基因注释

部分类群的物种中会因为mitoz缺少参考注释基因而缺失。我们可以使用geneious进行相似度注释补救。

第一步 准备注释参考库

首先需要在NCBI下载可靠的近缘物种的线粒体基因genebank文件。


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第二步 锁定缺失基因区域

比如近缘种在ND3和ND2之间应该有三个tRNA （C，S，I），但是自己的序列中缺少这部分注释。

近缘参考物种


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缺失基因序列


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第三步 Geneious 注释操作流程

上一步中下载的genebank文件是下图中第三步使用的参考库。


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第四步 注释合适的基因

在目标区域寻找，我们需要的三个tRNA基因，根据相似度可以判断选择哪个更合适。


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应用注释信息以后


image.png

线粒体环图生成 的网站

OGDraw
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html

image.png

CGview
https://js.cgview.ca/

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