mac或者linux中有时候安装pysam会报错。在windows中安装这个模块基本上都是报错的，因为这个工具里面用到的模块samtools可能是在linux系统中才行。

• 尝试一下指定版本安装

pip install pysam==0.9.1

• 或者下载下来之后再安装

pip install https://github.com/pysam-developers/pysam/archive/master.zip

• 或者是在bioconda中使用conda安装

conda install -c bioconda pysam

参考

• Error installing pysam 0.14.1 with pip on OS X / python 3.7
• pip install pysam error #262