解决报错:awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 50: illegal reference to local variable array

最近服务器系统被我搞崩了,换了块更好的固态硬盘,重新装了一个ubuntu系统。然后我在服务器上面运行juice(3D-DNA流程挂载染色体用到的软件),发现了这样的报错:
awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 50: illegal reference to local variable array

awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 51: illegal reference to local variable array

awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 164: syntax error at or near [

问题不算大,但也困扰我许久。经过多方面排查,发现原来是新系统默认安装mawk,这个版本的awk相当于awk的简化版,有很多功能不太一样。因此,解决办法是按照满血的gawk:

sudo apt-get install gawk # 基于Ubuntu 的系统

sudoln-sf $(whichgawk) /usr/bin/awk 永久替换系统中的awk,可以通过修改路径的优先级

问题完美解决

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