《祈念守护人》作者东野圭吾。

主人公直井玲斗出生在一个单亲家庭，从小没有父亲，母亲因为养家操劳过度而患病去世，只剩下他和姥姥相依为命。成年后，他工作不尽如人意，屡屡受到不公平的对待，在器械厂工作期间，他因为向客户坦述工艺缺陷，被老板得知后开除。他忿忿不平决定偷取工厂仓库器材来报复老板，结果被警察拘留，面临牢狱之灾。

这时有一个神秘人物拯救了他，并帮他摆平了官司，但前提是需要他答应一个条件。这个神秘人物就是他的姨妈柳泽千舟——他母亲同父异母的姐姐。千舟姨妈曾是柳氏集团的领军人物，在年老身退之后担任高层顾问，同时她还有另外一个神秘的身份——那就是神楠守护人。姨妈让玲斗答应的条件是接替她完成神楠守护人的工作。

玲斗接受了神楠守护人的工作，他在神社里白天接待前来观赏的游客，晚上服务前来祈愿的顾客。起初他并不明白祈愿到底是怎么一会事，千舟姨妈也没有不告诉他，而是让他自己去体悟。有一天晚上，他意外发现有个女孩儿想要偷听别人祈愿，这个女孩子就是佐治优美，他们来因此结识。佐治优美偷听是想看看她的父亲佐治寿明到底在祈祷什么，因为她发现最近父亲特别神秘，每次祈愿之后，还会偷偷与另外一名年轻女子见面，她怀疑父亲出轨，想要暗中调查清楚。而玲斗也想借着这个机会，弄清楚祈愿到底是怎么一回事，于是两人开始联合调查。

玲斗通过查阅历史的祈愿记录，发现人们总是在新月夜和满月夜预约来这里祈愿，而且总是有相同姓氏的人相继来祈愿，前人在新月夜，后人在满月夜，前后的祈愿有时间间隔，短则几个月，长则几年。佐治寿明的哥哥佐治喜久夫几年前也曾在这里祈愿过。玲斗和优美两人虽然经过多番探查，却始终没有搞清楚真相，而且事情越来越变得破朔迷离。

最终玲斗决定暗中帮助优美窃听他父亲佐治寿明的祈愿，结果两人听到了一段钢琴曲和佐治寿明的哼歌声，但也在这一次两人被佐治寿明发现。佐治寿明面对女儿优美的怀疑，只好坦然言明了事实的真相：
佐治寿明有个哥哥叫佐治喜久夫，从小喜欢弹钢琴，展现出了钢琴天赋，母亲在家中力排众议支持他上音乐学院，他也没有辜负母亲的支持，一直努力学习。但随着在音乐高等学府的历练，喜久夫发现自己终究天赋有限，难以在演奏上获得成功，于是他瞒着母亲偷偷转学作曲，结果在作曲专业也发展的不好，他又转行学表演...... 不断切换方向，均难以取得建术，郁郁不得志下，他酗酒成瘾，并严重损害了他的健康。母亲发现他时，他已经无法说话，存在认知功能障碍，并且肝脏严重受损。母亲把他放到了疗养院，他身体逐渐恢复，也逐渐明白了自己辜负了母亲对他的爱。他通过疗养院的朋友知道了神楠祈念的事，他决心为母亲谱一首曲子，并在某一个新月夜，通过寄念的方式，把曲子留在神楠里。他留信给母亲，让她去祈念，去听这首曲子，但是母亲当时已经表现出了老年痴呆，并没有发现这封信。喜久夫最终因为肝脏疾病去世了，而母亲受到打击也彻底痴呆了。弟弟佐治寿明，在整理遗物时，偶然发现了这封信。于是他抱着试一试的态度前来祈念，发现了寄托在神楠中的钢琴曲，便想要把曲子谱出来，演奏给母亲听。于是他总是在满月夜来祈念，祈念后，把脑海中的音律通过哼歌的方式录下来，交给钢琴老师冈崎实奈子去谱曲。但是因为佐治寿明天赋有限，谱出来的曲子终究不能让音律完美重现。

于是，玲斗提出了建议，他建议佐治寿明自己去寄念，让他的女儿优美来祈念。因为优美具备良好的音乐天赋，可以完美的把曲子描述出来。最终这个建议获得了成功，曲子被成功谱写，演奏给佐治寿明的母亲听。痴呆的母亲透过音乐，也想起了自己的儿子喜久夫。佐治一家的心愿圆满达成。

玲斗借着佐治一家的事情，彻底明白了神楠寄念和祈念。寄念就是前人把自己的经历、感受、记忆、理念、信念、使命、遗志等在新月夜通过寄念的方式存放到神楠中。有血缘关系的后人，在满月夜，通过在神楠下回忆前人，获取前人的留下的念。在一些世家中，当一家之主想把自己的理念、信念、使命感传递给继承人时，不少人会借助这份神力来完成传承。

之后，玲斗意外发现千舟姨妈故意支开他，自己去寄念，于是他便借着与姨妈的血缘关系，在某个满月夜偷偷完成了祈念。通过祈念，玲斗明白了千舟姨妈为什么会救他，因为她对玲斗的母亲，也就是她同父异母的妹妹怀疑深刻的内疚之情。同时玲斗也知道了，原来千舟姨妈患有健忘症，只能靠一部手账本保持正常的事物运作，所以安排了玲斗做自己的继承人，代替自己守护神楠。玲斗也发现，千舟姨妈与现任的柳氏集团的掌门柳泽将和在经营理念上存在隔阂，凝结着千舟心血的酒店即将被拆除改建，千舟想要挽救却无能为力。柳泽将和与千舟姨妈是五代血亲，血缘关系较远，也无法来祈念。于是玲斗闯入到董事会议，据理陈述了自己的观点，帮千舟姨妈保住了酒店。最后，他告诉千舟姨妈，不要害怕失去记忆，因为忘掉过去并不可怕，只要我们不断创造新的美好回忆就好了。