《基因组学》课程-学习笔记之一

写在前面

分子生物学相关知识的学习,可能一直停留在大三阶段。那会看完了几本书,自我认为目前为止,可以满足与多数人的日常交流。然而,一方面当时是囫囵吞枣,不甚了解;另一方面,时间过去太久,年龄也不小了,一直用不上的部分,早已忘却(多数知识点,在讨论学术问题时,完全用不上)。
约莫是那个时候,我发现了很多优质的网络公开课,上研究生之后,就也基本没看。往往是时间问题,所以我对高铁这个过程,又爱又恨。
漫长的车程,让人难受;而事实上,也只有在这个短暂的时间,才能静下心学习。看看一些网络课程,在火车上,比看书简单得多,至少,摇晃也没有感觉,而且不用翻书。
最近坐高铁多了,一直在看复旦大学-杨金水老师的《基因组学》这门课程,感觉挺不错。
做一些小的笔记。

一些截图与个人笔记


基因组测序的常见路线。虽然现在一上来就是三代,HiC,光学图谱,不过分析逻辑并没有大的变化。


目前我们课题组在做一个物种的基因组,总的来说...感觉杂合度更高....


群体多态性组成频率 PIC。主要是记录概念,0.25



PIC的计算公式 与 实例


这个图是乱入的,在社交网站上看到的,感觉不错,可以帮助一些人搞清楚一些概念。


常染色质,异染色质... 基因密度。


真核生物的三种RNA聚合酶(植物的有Pol IV...) 不同的聚合酶负责不同的基因转录。5.8S 和 5S 是不同聚合酶转录的产物


28S 18S 5.8S 成簇分布 并 形成 重复的单元。


tRNA的启动子在基因的内部


增强子的效率 与 增强子 和 启动子 之间距离 是否是 整倍数 相关。


转录前起始复合物和延伸复合物
在转录开始后,转录起始复合物多数仍然保留并等待下一个延伸复合物。


测序深度在10x以上,然而看我们手上的数据...嗯,还是至少30x 50x吧


原来内含子剪切除了 GT-AG之外,还存在其他的特点....


hypothetical...其实就是纯粹的 基于文本的预测。


2011年,做个BinGO发个Nature....

写在最后

很多时候,你的落后是注定的;也是无关紧要的。生活是否快乐,或许只是你是否愿意接受现状而已。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 216,287评论 6 498
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,346评论 3 392
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 162,277评论 0 353
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,132评论 1 292
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,147评论 6 388
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,106评论 1 295
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,019评论 3 417
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,862评论 0 274
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,301评论 1 310
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,521评论 2 332
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,682评论 1 348
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,405评论 5 343
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,996评论 3 325
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,651评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,803评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,674评论 2 368
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,563评论 2 352

推荐阅读更多精彩内容

  • 氨基酸是蛋白质的基本结构单位,参与合成蛋白质的氨基酸有20种,可作为原料在核糖体工厂通过肽键连接形成多肽链,都有密...
    官敏慧阅读 5,666评论 0 7
  • 书名基因社会作者(美)以太·亚奈(ItaiYanai) / (美)马丁·莱凯尔(MartinLercher)译者尹...
    xuwensheng阅读 1,991评论 0 6
  • 为什么我挣不到钱?原来我把挣钱和花钱的概念搞反了。我一直以为挣钱就是为了花钱,从来不思考怎么挣钱却天天在思考怎...
    乐阳L阅读 186评论 0 0
  • 其实在恋爱中,无论是怎样的相恋,都不能以任何不公平态度来指责。 之前看过奇葩说,有一段是嘉宾自己说自己是同性恋的故...
    榎榎阅读 134评论 0 0
  • 人生没有真正的绝望。树,在秋天放下了落叶,心很疼,可是整个冬天,它让心在平静中积蓄力量。春天一到,芳华依然。只要生...
    红霞满天飞阅读 358评论 0 0