amber16的cpu单线程版sander，cpu多线程版mpirun sander 安装到GPU版pmemd.cuda,GPU的并行版没有安装。
安装前准备：安装各种依赖
1.直接执行安装依赖：
sudo apt-get install csh flex gfortran g++ patch python-tk python-matplotlib bison gcc make build-essential xorg-dev xutils-dev libbz2-dev zlib1g-dev libboost-dev libboost-thread-dev libboost-system-dev libxdmcp-dev libxt-dev libxext-dev libreadline-dev parallel
2.安装perl-ExtUtils-MakeMaker：
wget http://files.directadmin.com/services/9.0/ExtUtils-MakeMaker-6.31.tar.gz
tar xvzf ExtUtils-MakeMaker-6.31.tar.gz
cd ExtUtils-MakeMaker-6.31
perl Makefile.PL
make
make install
3.安装intel编辑器：网上有很多教程
我装的是2019版本的，但是在装gpu版本时，用intel编辑器编译时提示版本只能是ICC 15.0, ICC 16.0, and ICC 17.0，我懒得再装，只用gnu编译器编辑也安装成功了。
cd 放有安装包的文件夹
tar -zxvf parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition.tgz
cd parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition/
sudo ./install.sh
一路回车下去，有yes就输入yes，有accept就输入accept,直到安装完成
配置icc环境：
sudo vi /etc/profile 或 sudo vi ~/.bashrc (建议两个都加，会使用linux系统的就按需求选择加哪个 嘻嘻）
在文件末尾添加：
#icc
source /opt/intel/bin/iccvars.sh ia32
source /opt/intel/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh ia32
source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64
添加完：
source /etc/profile 或 source ~/.bashrc
检测是否安装成功：出现版本信息
icc -v
4.安装cuda，amber16支持7.5、8.0和9.0版本，网上装cuda的教程很多
cd 放有安装包的文件夹
sudo sh cuda_9.0.176_384.81_linux.run
配环境 ：
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
开始安装
安装单cpu版的AMBER：
1.解包，两个压缩包会解压到一个名为amber16的文件夹里
cd 放有安装包的文件夹
tar xvfj AmberTools17.tar.bz2
tar xvfj Amber16.tar.bz2
2.设置环境变量，对于所有用户修改 /etc/profile，对于单个用户修改~/.bashrc
sudo vi /etc/profile 或 sudo vi ~/.bashrc
在末尾添加：
export AMBERHOME=/你的路径/amber16
添加完成后使配置生效：
source /etc/profile 或 source ~/.bashrc
3.编译安装
cd $AMBERHOME
./configure gnu
./configure intel
source $AMBERHOME/amber.sh
4.安装
make install
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安装cpu并行版
1.下载openmpi安装包，版本要求：openmpi-[1-2].[0-9]
2.下载完成之后进行解压
一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录
3.运行./configure_openmpi gnu
4.设置环境变量
运行source $AMBERHOME/amber.sh 或手动添加：
sudo vi /etc/profile
在末尾添加：
export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export DO_PARALLEL="mpirun -np 16" （16是我自己选择的线程数，根据自己的电脑选择）
添加完成后使配置生效：
source /etc/profile
5.配置安装并行版
cd $AMBERHOME
./configure -mpi gnu
make install
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安装gpu单线程版：
前根据自己的GPU安装相应的nvidia驱动和cuda。（amber16只支持cuda9.0以下，查清cuda支持的nvidia驱动）
单GPU:
cd $AMBERHOME
make clean
./configure -cuda gnu （这一步完成后，安装界面会提示要干哪些步骤（添加环境变量等），一定要全部完成）
source amber.sh
make install
安装完$AMBERHOME/bin文件夹里出现pemed.cuda则表示安装成功
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多GPU：我没实验过
cd $AMBERHOME
make clean
./configure -cuda -mpi gnu (or intel)
make install
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//如果安装出现问题，看用户手册
