一、准备工具
两个基因组文件： fs32.fa r498.fa (作为参考基因组)
minimap2的安装：
1.conda 直接安装
conda install -c bioconda minimap2
2. 下载安装
wget https://github.com/lh3/minimap2/releases/download/v2.17/minimap2-2.17_x64-linux.tar.bz2
tar -jxvf minimap2-2.17_x64-linux.tar.bz2
cd minimap2-2.17_x64-linux/
二、基因组比较
minimap2 -ax asm5 --eqx r498.fa fs32.fa >fs32.sam
最终得到sam格式文件
三、使用syri 从sam文件中鉴定sv和snp
1.安装软件
conda install -c bioconda syri
或者：
cd /home/lsh/biosoft/
git clone https://github.com/schneebergerlab/syri.git
python setup.py install
chmod+x syri/bin/syri syri/bin/chroder syri/bin/plotsr
2.python3 /home/lsh/biosoft/syri-master/syri/bin/syri -c fs32.sam -r r498.fa -q fs32.fa -k -F S
最终得到结果文件,其中
syri.out 可以用来画共线性图
syri.vcf 包含了SNP
3.画图
python /home/lsh/biosoft/syri-master/syri/bin/plotsr syri.out r498.fa fs32.fa
schneebergerlab/syri： Synteny and Rerangement Identifier (github.com)
