收成之后的咖啡如何处理对于最后的成品有很大的影响，但是非常少的制造商会考虑这些，大多数的制造商的目标就是确保处理会尽可能的减少瑕疵并且在质量上没有下降。
在收割咖啡果实后，果实会送到湿磨机(wet mill)分离果肉和豆子，再干燥豆子存储。首先会在湿度60%分离果肉，再干燥到11-12%防止腐坏。湿磨机会把豆子从果实阶段处理到带外皮的咖啡豆(parchment，包裹在豆子上的一层皮，也叫做pergamino)。实际上湿磨机这个名字有点误导，一些制造商在处理过程中用非常非常少的水，这么说的原因是为了区分这个阶段和后面的去果皮(hulling)和分等级(grading)阶段，这两个阶段被称之为'dry milling'。
THE NATURAL PROCESS - 自然过程
也被称为干燥过程(dry process)，这是最古老的处理咖啡果实的方法。收割咖啡果实后，果实被摊在庭院或者特别的用于干燥的桌子，让太阳晒干。果实需要经常翻动来避免发霉，发酵甚至腐坏。一旦果实足够的干燥，外面的表皮和果肉就会自动掉了，咖啡就可以存储起来了。自然过程会增加咖啡一些风味有的时候是好的，通常都是不好的。但是如果有的地方没有水，这就是唯一的方法了，所以在埃塞俄比亚和巴西的一些地方很普遍。通常这种方法都是用于生的或者低质量的咖啡果实，大部分这种处理方式的咖啡最后都会流入国内市场。这个方法通常会增加水果的风味，像蓝莓，草莓或者热带水果，但有时候是负面的味道像barnyard， wild，ferment， manure。
THE WASHED PROCESS - 水洗处理
采摘后咖啡果实会用果肉分离机(depuler)把果实的表皮和大部分的果肉剥掉，接着果实会被送到一个干净的缸或者水槽里，剩下的果肉通过发酵取出。果实中富含的国胶会让果肉牢牢的附着在种子上，但是发酵总共让它们分开，然后用水冲走果肉。(最后的废水的排放是有毒的会对环境造成影响)。发酵需要的时间取决于维度和周边环境，越热越快，如果发酵时间过长，就会引入不好的味道。一些制造商会摩擦豆子如果发出了吱吱声(squeak)就是发酵完毕，因为这个时候没有果肉，种子是光滑的。其它人也会放一个棍子，如果棍子可以在凝胶状的充满果胶的水里直立，那么这个过程就可以了。
冲洗完咖啡豆后，就是干燥了，通常在太阳地下把咖啡豆铺开或者放到专门的干燥桌上进行干燥，和前面的自然方法一样，咖啡豆必须经常翻动来确保缓慢和均匀的干燥。当缺少阳光和湿度过高的时候，一些制造商也会用机器来在11-12%湿度下进行干燥。至于口感，机器干燥通常认为是比阳光干燥来的差，即使是在太阳地下在庭院里干燥也太快而不能达到最好的质量。虽然水洗可以减少瑕疵，但是会影响杯品质量。像比较其他方法，水洗会保留更高的酸度, increased complexity, 也被称之为cleaner cup。'cleanliness'是一个重要的词汇，用来描述咖啡没有不好的口感。
HYBRID PROCESSES - 混合方法
THE PULPED NATURAL PROCESS 去果皮日晒处理法
这个方法是由一家叫Pinhalense的咖啡设备制造商实验出来的，想法是用比水洗处理更少的水来产生高杯品的咖啡。在采摘后，咖啡自动的被剥皮和大部分的果肉，然后直接放到露台或者干燥床上干燥，这种方法仍然需要小心的干燥。
THE HONEY(MIEL) PROCESS - 蜜制过程
这个方法和去果皮日晒方法很像，但是主要是很多中美洲国家包括哥斯达黎加和萨尔瓦多。咖啡自动剥皮去肉，比去果皮日晒方法用更少的水。剥皮机通常可以控制要留多少的果肉在种子上，剩下的咖啡豆总是可以被认为是100%的蜜制，还是20%的蜜制。Miel 是西班牙语的水果粘液的意思。如果留了太多的果肉在豆子上在日晒的时候就很容易发酵和变成瑕疵品。
THE SEMI-WASHED/WET-HULLED PROCESS - 半水洗/湿去壳方法
这个方法在印度尼西亚非常流行，当地叫giling basah. 采摘后，咖啡去皮肉然后简单干燥。半水洗方法不像其他方法在湿度11-12%下干燥，它只是在30-35%环境下干燥。然后去壳，剥掉咖啡豆上的表皮，展露出皮下绿色的豆子。然后豆子被干燥到不会腐坏的程度，第二次干燥也让豆子有了深绿色的颜色。半水洗是在运输豆子前才把表皮去掉的方法中的一个列外。市场总是会把这种风味和印度尼西亚联想到一起，这样处理的咖啡酸度更低，也产生了许多的味道像木头，土壤，霉臭，辣，烟草以及皮革的味道。通常这种是和业界判断咖啡是否理想而背道而驰的。但是印度尼西亚也有咖啡是用了水洗的，这个应该会在包装上标注'washed' or 'fully washed'。
