《大师和玛格丽特》是一部魔幻怪诞长篇小说，全书由神话、现实生活和历史三个层次粘合而成。
第一个层次是神话，描写魔王沃兰德及其随从拜访莫斯科，他们施行妖术，制造事端，对莫斯科的市侩们进行百般戏弄。沃兰德突然出现在“莫斯科文协”主席伯辽兹的面前，跟他争论有无耶酥的问题，随即让柏辽兹死于非命。随后他和他的助手们又来到莫斯科杂耍剧院，在那里表演“黑色魔术”，让观众大出洋相。他们还大闹柏辽兹的协会本部——“格利鲍耶夫之家”，并付之一炬。而作品的主人公“大师”及其情人玛格丽特在受到迫害后也得到了魔王的帮助，玛格丽特抹了魔王的助手阿扎泽勒给他的一种油膏，抹了后就飞起来。她报复了曾围剿大师的批评家，参加了魔王的盛大舞会。舞会上魔王满足了她回到大师身边和恢复大师手稿的要求。最后应耶酥要求，沃兰德把大师和玛格丽特送到了永生的安息所。
第二个层次是现实的生活，讲述的是20世纪20年代的莫斯科，重点表现了以柏辽兹为首的一群文化人的利欲薰心、蝇营狗苟的行径。大师因为写了一部关于罗马总督本丢·彼拉多审讯处死耶酥的小说而惹祸，遭到文化界的围攻，结果进了疯人院。只有玛格丽特一如既往地爱着他。这个层次与神话层次相交织。
第三个层次是历史，通过沃兰德的回忆和大师的小说展示了两千多年前的往事。本丢·彼拉多审讯耶酥，他试图使耶酥免于一死，同大祭司发生了争执，最后屈从于大祭司处死了耶酥。耶酥服刑后，彼拉多派人暗杀了出卖耶酥的犹大。以后是彼拉多两千年的忏悔，直到大师在沃兰德指引下见到了他，用一句话使他得到了救赎。
《大师和玛格丽特》的主题是古典并且鲜明的。《大师和玛格丽特》运用典型的魔幻现实主义手法：神奇的人物形象、荒诞离奇，亦真亦幻的情节、借鉴宗教故事与神话传说、奇异多彩的表现手法、梦幻般的时空交错，叙述速度极快，场面宏大，使人产生梦幻般的感觉。魔鬼沃兰德利用法术在莫斯科戏弄众生、彼拉多在十字架前审判耶稣基督，加上“大师”的不幸命运和玛格丽特忠贞的追随，三个故事交替发展，贯穿了历史、现实和梦幻。而故事的发生地，舞台、精神病院、刑场……布尔加科夫用魔幻的笔调将这一切呈现在我们面前。在魔鬼沃兰德的戏弄下，莫斯科上演了一出出丑态；玛格丽特出席的晚会，各式鬼魂一一登场。现实中的种种闹剧让人觉得如梦似幻，魔鬼的晚会也让人真假难辨。最终无家汉在睡梦中得到了安宁。然而在他的梦境中，现实的一切依然重复上演，它只能得到短暂的安宁。彼拉多经过审判走向了基督，莫斯科经过审判依然如故，一切似乎只是一个循环。但《大师和玛格丽特》背后表现出的一层更深刻、更沉重的意思，是对不泯人心的赞赏与肯定，精神价值、文化传统、善恶观念是人类社会所赖以维系、生存的永恒力量。
《大师和玛格丽特》小说的结尾部分读起来更是充满魔幻的色彩，尤其是对玛格丽特在天空飞翔的描写。飞翔的最后是看到一条月光铺成的道路，“大师”与玛格丽特一起，趁着月色，骑着黑色的马，在魔王的带领下，飞向"永恒的栖身之地"。
