1安装方法
首先安装好java环境，通过官网下载最新版本的软件压缩包，然后解压即可，最好安装在自己熟悉的目录下。
java检测
java -version
配置数据库
有一些物种已经有官方的注释数据库，可以直接进行下载， 比如人类基因组，用如下代码下载：
java -jar snpEff.jar download GRCh38.76
如果需要查找哪些物种有现成的数据库，可以使用如下命令：
java -jar snpEff.jar databases
如果官方没有给出数据库，就需要自行建立数据库，
查找是否有我要用的数据库，如我要找小麦（Triticum）的
java -jar snpEff.jar databases |grep "Triticum"
找到的库叫Triticum_aestivum
（查看全部数据库： java -jar snpEff.jar databases |less -S）
2.构建自有物种数据库
因为我是要从头构建注释基因集，所以它自带的数据库对我就没有什么用
下载水稻基因组及注释 http://rice.uga.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/
而第一步便是要找到snpEff.config这个文件进行添加
配置文件修改
需要修改的配置文件在snpEff目录下， 文件名为snpEff.config，打开这个文件，在最后一行添加自定义数据库信息（这里的wheat可以自定义，但是要保持一致）
echo "rice.genome:rice" >> snpEff.config
数据库路径设置
按照如下设置进入snpEff的安装目录并创建文件夹：
cd snpEff #进入 snpEff 目录下
mkdir data #新建 data 目录
cd data #进入 data 目录下，必须在该目录
mkdir genomes #新建 genomes 目录，用于建立 rice 目录中的 bin
mkdir rice #新建 rice目录,对应物种名或后续软件调用的参数名
将参考基因组.fa文件放在genomes文件夹中，并改名为rice.fa，并将gff注释文件放在rice文件夹中改名genes.gff3，
rice文件夹中包括了genes.gff3 cds.fa protein.fa ##无论原名是啥都改为这个
运行脚本形成bin文件
准备好文件后，回到软件目录，并执行以下命令，自动生成参考文件。检查一下存放参考基因组注释文件的目录下是否出现一些以.bin结尾的文件（数量与参考基因组染色体数有关），有就代表构建成功。
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v rice
# -c , -config : Specify config file
# -v , -verbose : Verbose mode (详细模式)
4、利用下载的数据库文件给vcf文件注释（不需要cd到data文件夹里）
java -jar snpEff.jar -c snpEff.config rice 156_2_35.7_filted.vcf.recode.vcf > 156.new.new.vcf
java -Xmx8g -jar snpEff.jar rice 需要被注释的vcf文件路径/snp_test.vcf > 存放结果文件的路径/snp_test_rs.vcf
java-Xmx4g-jar../snpEff.jar ann Amur_ide-o vcf-v./alk_fw_pass_merged_filter.vcf-csvStats1.csv-stats1.html>selected.ann.vcf##-Xmx：堆内存的最⼤值，默认值是物理内存的1/4（且⼩于1G），如默认情况下当堆中可⽤内存⼤于70%时，堆内存会开始减少，⼀直减⼩到-Xms的⼤⼩#-csvStats<file>:Create CSV summary file.#-s,-stats,-htmlStats:Create HTML summary file.Defaultis'snpEff_summary.html'#-o<format>:Ouput format[vcf,gatk,bed,bedAnn].Default:VCF.#-formatEff:Use'EFF'field compatiblewitholder versions(instead of'ANN').(使用与旧版本兼容的'EFF'字段(而不是'ANN')。)
5、注释结果：文件后半部分如下图，会告知每个snp的位置，是在哪个基因的上游/下游，是否是同义突变等等
