当我们获取到许多的测序数据的fastq文件，我们为了方便，通过shell编程写一个批处理脚本来对许多文件进行质控。
1 首先在创建一个文件夹存放fastq文件或者fastq.gz文件，将fastq文件和fastq.gz文件放进去
mkdir ~/fastq
mv *fastq *fastq.gz ~/fastq
图一
2 创建一个results目录存放质控结果
mkdir ~/results
3 通过编辑器（vim/gedit/nano)创建fastqc.sh,其内容如下
#!/bin/bash
for fastq_file in ~/Seqs/fastq/*
do
fastqc $fastq_file
mv ~/Seqs/fastq/*fastqc.html ~/Seqs/fastq/*fastqc.zip ~/results
done
echo "Ok!"
(注：我的fastq文和fastq.gz文件存放在~/Seqs/fastq下）
4 写完之后退出保存，更改fastqc.sh文件的权限为可执行
chmod 777 fastqc.sh
5 运行脚本
sh fastqc.sh
或者
./fastqc.sh
运行及结果：
运行过程
质控分析结果
