当我们获取到许多的测序数据的fastq文件，我们为了方便，通过shell编程写一个批处理脚本来对许多文件进行质控。
1 首先在创建一个文件夹存放fastq文件或者fastq.gz文件，将fastq文件和fastq.gz文件放进去

mkdir ~/fastq
mv *fastq *fastq.gz ~/fastq

图一

2 创建一个results目录存放质控结果

mkdir ~/results

3 通过编辑器（vim/gedit/nano)创建fastqc.sh,其内容如下

#!/bin/bash
for fastq_file in ~/Seqs/fastq/*
do
    fastqc $fastq_file
       mv ~/Seqs/fastq/*fastqc.html ~/Seqs/fastq/*fastqc.zip ~/results
done
echo "Ok!"

(注：我的fastq文和fastq.gz文件存放在~/Seqs/fastq下）
4 写完之后退出保存，更改fastqc.sh文件的权限为可执行

chmod 777 fastqc.sh

5 运行脚本

sh fastqc.sh

或者

./fastqc.sh

运行及结果：

运行过程

质控分析结果