他们组服务器可真乱啊，在他师兄文件下建立LML
1、SRA.lite1解压
/home/yzyang/biosoft/SRA_Toolkit/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin/fastq-dump
解压语句：
/home/yzyang/biosoft/SRA_Toolkit/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 --gzip $文件名字.lite
2、TrimGalore过滤
trim_galore -q 25 --phred33 --length 35 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $输出路径 $文件名1lite.1_1.fastq.gz $文件名2 lite.1_2.fastq.gz
3、Hisat2比对
extract_exons.py $gtf名字 >genome.exon.gtf
extract_splice_sites.py $gtf名字 > genome.ss.gtf
hisat2-build $fa基因组文件名字 -p 10 --ss genome.ss.gtf --exon genome.exon.gtf /$路径/前缀
以上是甜菜index的建立
hisat2 -p 20 -x /storage2/anlei/wangwenjing/index/hisat2/sugar/sugar_index/sugar -1 $名字 -2 $名字val_2.fq.gz -S 自名字.sam
4、sam转bam
samtools sort -O bam -@ 25 SRR12730680.sam -o $输出路径 SRR12730680.sort.bam
5、featurecount计算counts数
featureCounts -T 40 -g gene_id -a /storage2/anlei/wangwenjing/index/hisat2/sugar/sugar_index/genomic.gtf -o /storage2/anlei/wangwenjing/lml/count/count.txt *.sort.bam
