trimmomatic是一款用来处理illumina测序数据的工具，可以是单条的single reads，也可以是成对的pairend reads。支持压缩格式数据。功能和其他数据处理的程序都差不多，主要包括，1、去除adapter序列以及测序中其他特殊序列；2、采用滑动窗口的方法，切除或者删除低质量碱基

1. 先新建一个文件夹，mkdir trimmomatic

2.  cd Trimmomatic   （后ls）

3. wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip

4. unzip Trimmomatic-0.38.zip

5. cd Trimmomatic-0.38  （后ls）

6.  which java  (java 在/opt/tesc/share/jdk1.8.0-20/bin/java中）

7.  /opt/tesc/share/jdk1.8.0-20/bin/java   （后ls）

8. pwd

9. /opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java -jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

10.  ls

11. /opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java -jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar  --help

12. 进入自己fastq数据的文件夹

13./opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java -jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 017_R1.fastq 017_R2.fastq output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

（/opt/tsce/share/jdk1.8.0_20/bin/java为Java的路径，-jar /home/HYZ930402/Zmq/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar为该软件所在的位置，需要明确指明质量值体系是Phred33还是Phred64，默认是Phred64，这需要特别注意，因为我们现在的测序数据基本都是Phred33的了，所以一定要指定这个参数。017_R1.fastq 017_R2.fastq要进行过滤的文件，output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz为输出文件

ILLUMINACLIP，接头序列切除参数。LLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10（省掉了路径）意思分别是：TruSeq3-PE.fa是接头序列，2是比对时接头序列时所允许的最大错配数；30指的是要求PE的两条read同时和PE的adapter序列比对，匹配度加起来超30%，那么就认为这对PE的read含有adapter，并在对应的位置需要进行切除【注】。10和前面的30不同，它指的是，我就什么也不管，反正只要这条read的某部分和adpater序列有超过10%的匹配率，那么就代表含有adapter了，需要进行去除；

LEADING，规定read开头的碱基是否要被切除的质量阈值；

TRAILING，规定read末尾的碱基是否要被切除的质量阈值；

SLIDINGWINDOW，滑动窗口长度的参数，SLIDINGWINDOW:5:20代表窗口长度为5，窗口中的平均质量值至少为20，否则会开始切除；

MINLEN，规定read被切除后至少需要保留的长度，如果低于该长度，会被丢掉。

14. 若要将002_R1.fastq改为002_R1.fastq.gz，直接gzip 002_R2.fastq即可，若要解压，直接gunzip 002_R2.fastq.gz

trimmomatic可以对测序数据进行过滤

java -jar trimmomatic-0.35.jar PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:$file_path/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

运行上面的命令可以完成以下任务

Remove adapters (ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10) #去掉接头

Remove leading low quality or N bases (below quality 3) (LEADING:3) #去掉开头质量低于3或N碱基

Remove trailing low quality or N bases (below quality 3) (TRAILING:3) #去掉末尾质量低于3或N碱基

Scan the read with a 4-base wide sliding window, cutting when the average quality per base drops below 15 (SLIDINGWINDOW:4:15) #以4个碱基为滑动窗口对reads进行扫描，当平均质量值低于15时进行剪切

Drop reads below the 36 bases long (MINLEN:36) #去掉长度小于36的reads