FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识,其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性,这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列,在NCBI的organelle genome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的fasta文件,genbank文件;gff3文件,但是没有把gene和CDS序列单独列出来的文件(如果有的话自己目前也不知道在哪个地方下载)这就需要我们利用现有的文件来提取,今天找到了一个小工具FeatureExtract,网页版和命令行版本都可以使用,用法非常简单,只需上传genbank格式的文件然后选择自己要提取的特征即可。

网址FeatureExtract 1.2L Server

命令行版本用python2.4,还没搞懂各个参数的意思,有时间研究一下再来记录。

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