在之前我们已经介绍了Alpha、Beta、物种分类、差异性等一系列的分析，本节我们要介绍一个命令，打包了之前所有的分析内容。
core_diversity_analysis.py这个脚本包含了我们之前介绍的所有分析，比如Alpha、Beta、物种分类、差异性等。这个流程的大部分分析都是默认设置，就像是所以不能帮助你解决回答一些具体的特别的问题。你可以通过设置参数文件让这个命令更加贴合你的目的，帮助你更好的分析你的数据。
命令如下：
core_diversity_analyses.py \
-i otu_table.biom \
-o core_output \
-m mapping_file.txt \
-c SampleType,Year \
-t rep_set.tre \
-e 1000 \
--recover_from_failure
最后会生成许多的文件，其中有一个.html文件展示所有的数据结果。
参数 Parameters
--categories | -c
采取的分类类别，多个分类之间用逗号隔开。比如：Treatment,Timepoint,Sex
--sampling_depth | -e
确定稀疏表的抽样深度，产生的稀疏表将用于下游分析。
--recover_from_failure
如果遇到文件夹，则保持命令运行的选项。
