在RNAseq数据处理的过程中,有的时候需要写循环或者提交任务到服务器。这个时候vim编辑器就很好用了。
使用方式:vi + < 文件名>(后缀可以是.sh/.pbs)
vi fastqc.sh
然后输入i进入输入模式
输入你的代码, 比如用fastqc批量检测fastq文件的质量并把结果输入到名为qc的文件夹中:
fastqc -t 2 -o ./qc/ *.fastq.gz
输入完成后,按esc退出输入模式,进入命令模式,然后输入:(冒号)进入底线命令模式,这个时候在输入wq,回车键就保存并退出了。
最后运行此文件
bash fastqc.sh