1、群体结构及其对 GWAS 的影响

群体结构的来源

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群体结构对GWAS的影响--混淆变量
Ancestry可以导致混淆变量（confounding variable）
混淆变量: 统计学中，混淆变量是指既与因变量相关又与自变量相关的无关变量。混淆变量其实就是群体结构变量，是潜在的第三者每个亚群的样本共享一种生长习惯和生活方式，导致许多感兴趣的性状直接与亚群或世系相关。

群体结构对GWAS的影响--假阳性

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2、群体结构的推断方法

群体结构评估三宝刃

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系统发育树

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model-base的群体结构分析
分析的大致原理：将大群体分成K个服从Hardy-Weinberger平衡的亚群，将各材料归到每个亚群，计算第i个材料其基因组变异源于第k个亚群的可能性（Pritchard et al. 2000），用Q值表示，Q值越大，表明该材料来自这个亚群的可能性越大

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用于GWAS的主要结果

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PCA(数学上的计算)

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EIGENSOFT-smartPCA主要结果图示

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基因型与群体结构关联

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3、亲缘关系及其对GWAS的影响

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Kinship的主要来源
① 血缘（ Blood relationship） ：
家庭关系（ Family ties）
血亲关系（ Blood ties）
② 共同祖先（ Common Ancestry）
③ Sharing of characteristics or origins.
度量方式
• 亲缘系数（ Coefficient of Kinship）
• 共祖率（ Coancestry）
• 血缘一致性 （ Identical By Decent (IBD)）
Kinship的主要方法
计算方法--根据系谱推断

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根据标记基因型推断

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标记基因型欧式距离

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Nel's Distance

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SPAGeDi(我钟爱的方法)

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VanRaden方法

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Zhang方法

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各种方法均可使用

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