FeatureMAP:保留聚类结构和基因特征变化

参考文献:
Feature-preserving manifold approximation and projection to analyze single-cell data

使用手册:
FeatureMAP: Feature-preserving Manifold Approximation and Projection — FeatureMap 0.1 documentation

FeatureMAP 提出了一种新的方法,通过对切空间嵌入增强流形学习,确保关键细胞数据特征的保留。介绍了两种可视化图:表达式嵌入(GEX)和变异嵌入(GVA)。使用基于分岔模型的(BEELINE)合成数据集来证明其有效性。与UMAP相比,FeatureMAP-GEX更好地保留了细胞密度,而FeatureMAP-GVA清晰地描绘了细胞的发育路径。


image.png

简单使用

安装:

pip install featuremap
# 依赖包: numpy, scipy, matplotlib, umap-learn, scikit-learn

数据可视化:
数据矩阵,行表示细胞,列表示基因

import featuremap
v_emb = featuremap.FeatureMAP(output_variation=True).fit_transform(data_pca)
x_emb = featuremap.FeatureMAP(output_variation=False).fit_transform(data_pca)

参数:
output_variation: 布尔值 (默认是 False)。决定生成表达式嵌入还是变体嵌入。

输出:
x_emb: 表达式嵌入来显示聚类
v_emb: 变异嵌入来显示轨迹

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

友情链接更多精彩内容