【CircPrimer】circRNA引物设计

circRNA引物设计对于初学者来说不太友好，下面就来介绍一款有意思的软件。circPrimer 2.0 : https://www.bio-inf.cn/

circRNA注释

有漂亮的圈图产生

circRNA引物设计

可设计背靠背引物，或者跨junction引物，粘贴到Primer3中，在primer3中设置片段长度为50-100.

circRNA引物特异性检测

目标片段是97;再稍大一些是227，因此RT-qPCR时将退火时间设置小于15s。

参考资料：
Shanliang Zhong, Jinyan Wang, Qian Zhang, Hanzi Xu and Jifeng Feng. CircPrimer: a software for annotating circRNAs and determining the specificity of circRNA primers. BMC Bioinformatics. 2018, 19(1):292. DOI: 10.1186/s12859-018-2304-1. PMID: 30075703

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