GEOsampleDB——搞定大规模GEO检索时的样本筛选

在GEO检索时，总能见到一些奇怪命名的样本，这或许与测序时的脱敏相关，但这也给后续数据使用时的筛选带来不便，本期主要介绍一个数据库，能大大提高样本筛选时的效率

1. 拟解决的问题

1.1 样本名称不明确

在GEO数据库挖掘中，会遇到以上这样的情况，样本名是一个代码，如果要看每个样本具体的处理情况，就需要单个点击每个GSM样本来查看，非常费劲

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1.2 样本量大

300多个样本，一个个看也特别麻烦


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2. 数据库介绍

数据库地址

https://haoran-chen.shinyapps.io/GEO_Sample_DataBase/

功能

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使用方法及功能

  1. 输入GSE id，点击Search
  2. 右侧出现所有样本的详细信息
  3. 可以实现筛选、排序功能
  4. 筛选结束后可下载

3. 小结

大道至简，小小数据库实现单一的功能，在枯燥的科研中提升一点点效率，有需要的话可以使用，如果有建议或意见，还请联系指正！

感谢观看，如果有用还请点赞，关注

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