转录组
广义上是指组织或细胞在一定功能状态下所有转录产物的集合，狭义上是指所有mRNA的集合。其是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带。
转录组的特点
具有时空特异性
相对于DNA，RNA更容易降解
表达丰度范围广
mRNA通常有前体，需要剪切和修饰
CDS、cDNA、外显子
CDS：编码序列的缩写，从起始密码子到终止密码子的所有序列
cDNA：与mRNA链互补的单链DNA，由mRNA在逆转录酶的作用下反转录后形成
外显子：断裂基因中的编码序列（mRNA在进行剪切时，相对于内含子，没有被剪切去掉的序列）
为什么有转录组测序
测定基因的表达量有许多种方式，比如基因芯片、qPCR等。
转录组测序在芯片基础上，更加精准。芯片就像模拟信号，而转录组测序就是数字信号，他能检测到更多的差异表达基因（即动态范围大）
测序实质
RNA反转录成cDNA，测的就是cDNA，通过检测的cDNA表达量，可以推断出RNA的数量。
某个基因cDNA片段数量比较多，那么也就意味着原始RNA的含量也很高，即该基因表达量高。
但是实际操作中，怎么计数，怎么比较才是分析的精髓
解决的问题
①不同处理条件对分子机制的影响；
②研究发育过程的转录动态重编码过程；
③研究动植物与微生物的互作；
④不同样品间寻找差异表达基因；
⑤转录组定位性状基因；
⑥获得物种的转录本序列；
⑦辅助基因组组装和注释，得到更完善的参考序列
一般流程
质控 - 比对 - 估算表达量 - 表达量比较
比对可以比对参考基因组或参考转录组
优点
结合高通量测序，快速准确地识别转录本，进行表达定量
