开始是没想杀。双方都没想一定杀死对方。
自来也见佩恩前，只是想搞到情报，打得过就杀了，打不过开溜。见到小南后开始好奇了，没几句话，小南就动手了，自来也两招制服小南，没忍心杀（想杀补一口火，小南就成灰了），试图嘴遁时畜生道赶到。自来也发现了轮回眼，佩恩喊自来也老师，这时自来也基本确认长门也是晓的成员。自来也更加要一探究竟了，总之，先嘴遁，不听话就打服了再嘴遁。饿鬼道、修罗道出来，自来也更好奇了，他应该怀疑到长门本人不在现场了，等到用仙人模式打倒三个佩恩，自来也还是忧心忡忡，连尸体都忘记回收，有心事的转身离开。其它三道忽然出场，自来也被人间道打断一臂。抬头看到了天道——弥彦。这时候应该跑了，可偏偏弥彦的出现让他更好奇长门到底去哪了？当他清楚晓得一切却是徒弟所为时，大蛤蟆仙人的预言促使他一定要在今天作出重大选择——打倒佩恩。所以，当他在水下蛤蟆胃中再次打倒畜生道后，不听劝阻，坚持继续战斗杀掉佩恩挽救即将陷入动荡的忍界亦或者被佩恩杀死（一如猿飞老师打倒大蛇丸那般）。
长门得知入侵的是自来也，派小南先去，小南表示会先动手，长门默许了。这里，长门知道自来也还没有掌握有价值的情报，只要自来也没见到轮回眼就什么事都好说。所以，小南说要在畜生道赶到前动手，很明显的要故意打草惊蛇，给自来也闪人的机会。长门是懂小南的意图的，他默许了。因为他们知道一般的间谍，一旦知道自己暴露，第一反应肯定是开溜，但很可惜，自来也不是一般的间谍。事实上，长门给了自来也足够的时间，畜生道和小南几乎前后脚出发，但直到自来也把小南制住外加一通嘴遁后，畜生道才出现。轮回眼是晓的底牌，是天大的秘密，所以从自来也看到轮回眼那一刻起，佩恩已经不可能让自来也活着离开了！那么，佩恩能不能坚持不出现，避免和自来也碰面。我想是不可能的，倒不是担心斑和绝在暗中监视，他自诩为神，对自己的理想高度自信，在雨隐村有着至高无上的威严，他不容许外人在雨隐村耀武扬威，尤其是自来也是代表木叶村意志的忍者，而木叶忍者杀害了自己双亲，间接导致弥彦死亡。他的实现理想的方式与自来也截然不同，又深知自来也的实力将会是晓未来变革忍界道路尤其是捕捉九尾时的重大麻烦。与公与私，长门的思路就是，先给自来也逃走的机会，行不通，在保持威严的前提下劝说自来也，至少自来也不反对自己，哪怕是口头上。很可惜，自来也的实力与信念使战斗越陷越深，轮回眼的秘密甚至佩恩尸体都有了流失的风险，随着战斗的越来越激烈，佩恩越来越必须杀死自来也。
怪只怪，佩恩就是长门，间谍是自来也。一个知道对方是最具有火之意志的人，最反对自己实现和平的道路的人；一个知道对方是最具有实力危害忍界和平的人，是蛤蟆仙人预言自己必须作出艰难抉择的人。
当两人见面时，结局已经注定了，必有一方倒下。当天道弥彦高举黑棒插向自来也尸体时，长门再次坚定了自己的信念。这种信念来自失去至亲之人的痛楚。
