在IGV里同时查看多个region/gene

之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候,一般就是只看某一个基因附近的peaks,或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基因。从来没有几个基因一起查看过,今天偶然发现了一个小trick,可以在同一个界面里显示多个基因(或区域)附近的peaks。

两种方法:

(一)查看基因附近的peaks

打开IGV,导入你的数据,这里我用tdf格式的文件作为例子:

导入数据后,这是整个基因组的情况,当然你需要按照自己的需求调整格式以及scale

比如我这里想看p53, Sox9和klf4这3个基因附近的peaks, 在搜索框里输入多个基因名称,然后点击“Go”,之后就会出现下面这种展示方式,你会发现当前的界面被分成了3个部分,这样当你需要同时查看多个基因的时候,更方便你比较peak在不同样品、不同基因之间的差异:

image.png

(二)查看gene body以外的基因组区域

还有一种情况,你想查看的基因组区域在两个基因之间,比如enhancers。点击IGV最上方的菜单栏里的“Regions”,选择“my lists”:

先点击“my list”,然后在点击“New”

然后弹出下面这个窗口:

点击OK后,会返回之前的窗口,这时右面会显示你刚才输入的区域:

点击View,就可以愉快的查看多个区域的peaks了~

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