先前我使用Geneminer组装分子标记，但在下游分析出现了bug，我尚不能确定是组装流程的错误还是测序的过失，故而使用Hybpiper就bug序列重组装，希望能得知下游分析得出错误结果的原因。
#hybpiper assembles ITS
hybpiper assemble -r /data/csp/jzh/ecology_wys/raw_data/${sp}_*.fq.gz -t_dna ../ref/its/${ref}_its.fasta --prefix ${sp} -o hybpiper --bwa --cpu 16
#-r clean_data; -t_dna reference (dna) -o output directory; --bwa sequence match using bwa.
参考资料：
[1] Welcome to the HybPiper tutorial!
