samtools 序列比对率计算（samtools flagstat）

准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件

samtools flagstat .bam文件 >  flagstat.tax

结果解释
从第一行至第十一行分别表示：

1. QC pass的reads的数量为2499971，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；

2. 重复reads的数量，QC pass和failed

3. 比对到参考基因组上的reads数量；

4. paired reads数据数量；

5. read1的数量；

6. read2 的数量；

7. 正确地匹配到参考序列的reads数量；

8. 一对reads都比对到了参考序列上的数量，但是并不一定比对到同一条染色体上；

9. 一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量；

10. 一对reads比对到不同染色体的数量；

11. 一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。