snakemake流程开发

官方文档：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/
使用场景：搭建生信分析流程，可重复性使用，支持分析中断继续分析的功能。
安装：推荐使用conda安装。
先安装conda，然后使用conda安装mamba软件

$ conda install -n base -c conda-forge mamba

激活base环境，使用mamba安装snakemake

$ conda activate base
$ mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake

激活snakemake环境，测试是否安装成功

$ conda activate snakemake
$ snakemake —help

怎么用？

需要先了解snakemake的语法结构

rule map_reads:
    input:
        "data/genome.fa",
        "data/samples/A.fastq"
    output:
        "results/mapped/A.bam"
    shell:
        "bwa mem {input} | samtools view -b - > {output}"

主要需要三部分：input，output和run（执行shell命令时用shell），在run部分可以编写python代码