微生物群落展示:要酷酷的云字体!

原文:微生物群落展示:要酷酷的云字体!

每当你需要展示微生物的群落结构

你是不是已经厌倦了

无休止的条形图和热图

想不想要更大胆前卫的展示方式?

没错,它就是云字体!

云字体是一种很好的展示方式,可以使人直截了当地看出要展示的主要内容,现在越来越多的paper开始使用这种展示方法,尤其适合综述文章。我们可以使用云字体来展示大范围内微生物物种的出现频率/概率/平均相对丰度等,要做云字体要安装wordcloud2软件包。要分析的文件格式即分类学信息及其出现频度(平均相对丰度),如下所示:

读取数据进行做图如下所示:

data=read.table(file="genus_counts_ave.txt", header=T, check.names=FALSE)rownames(data)=data[,1]#对丰度数据进行适当的标准化来更好的显示,可自己选择合适的对数/指数等方法species=rownames(data)counts=data[,-1]counts=sqrt(log(1+counts))data=data.frame(species, counts)#安装软件包并做图install.packages("wordcloud2")library(wordcloud2)wordcloud2(data, rotateRatio=0, size=0.5)

其中size设置的图片大小,rotateRatio=0表示全部字体不旋转(1则表示全部字体旋转),运行结束后会生成云字体图片,如下图所示:

接下来就可以导出图片在文章中使用啦!

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