Maestro使用

  1. 蛋白准备
  • 蛋白从pdb数据库下载
  • 下载pdb格式文件
  1. 小分子从pubchem或者zinc数据库下载
  • 小分子下载sdf或者mol格式文件都可以

3.打开薛定谔软件，导入pdb文件

  1. 蛋白前处理
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点击Preprocess


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点击 add missing side chains

然后运行之后再次点击ok，再次回到这个界面，点击Refine


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出现如下界面：
点击optimize


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在点击去水
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选择OPLS_2005, 然后点击Minimize


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  1. 单个小分子直接默认处理就行
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红框注意保持一致


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  1. 对接开始
    点击Docking下面的Grid Generation


    image.png

    定义对接位点，选好之后点击run


    image.png

    点击grid docking
    image.png

    选好之后，点击Run
    image.png

    image.png
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