环境设置
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
library(GEOquery)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
dir.create("01_GEOquery版_下载数据")
自定义下载GEO的函数
downGSE <- function(studyID, destdir = destdir) { ##destdir-->之后要存储数据的路径
library(GEOquery)
eSet <- getGEO(studyID, destdir = destdir, getGPL = T)
exprSet = exprs(eSet[[1]])
pdata = pData(eSet[[1]])
fdata = fData(eSet[[1]])
write.csv(exprSet, paste0(destdir,studyID, "_exprSet.csv"))
write.csv(pdata, paste0(destdir,studyID, "_metadata.csv"))
write.csv(fdata, paste0(destdir,studyID, "_featuredata.csv"))
return(eSet) ##返回下载的元素
}
GSE_ID <- c('GSE33000')
destdir<-c("01_GEOquery版_下载数据")
gset<-downGSE(GSE_ID,destdir) ### 输入你想要的数据集和你想储存数据的路径
