转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

  转录组分析之前最重要的是实验设计。严谨实验设计的目的是确保产生的实验数据能够回答我们感兴趣的生物学问题。准确的说，实验设计其实是术语转录组分析之前的步骤。实验设计主要注意以下三个方面的内容:

1. RNA提取方案
2. 测序深度或文库大小
3. 重复的次数

  RNA提取方案主要是去除rRNA，保留我们感兴趣的mRNA。而测序深度或文库大小则是指一个给定样本的测序片段数量，越多的转录物被检测到其定量就会越精确。重复的次数取决于RNA-seq过程中技术和生物学的异质性。

下面说一下RNA测序数据的分析

1. 质控

在4个地方要注意数据的质控，分别是原始测序片段、测序片段比对、定量、可重复性。

2. 转录鉴定

当做的是有参转录组的时候，要将测序片段跟参考基因组进行比对，以推断转录物的表达情况。

3. 转录定量

RNA-seq最常见的应用是估计基因和转录表达。

4. 生物信息学分析

主要是差异表达分析、可变剪切分析。

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