共线性分析

作为王希胤老师课题组的学生，共线性相关分析上，一直没有提出更方便或深刻的方法，着实有点儿惭愧。王老师是共线性分析软件ColinearScan的第一作者和MCscan的重要作者。在我们课题组内，常常用的还是Colinearscan。总的来说，两个软件目前都有一定的用户。
MCScan和Colinearscan在共线性区块的提取上有细微差别，具体效果上，各有优劣。两个软件都是基于动态规划来实现共线性区块提取，而主要区别在于对同源基因对的具体判别。

• Colinearscan 的筛选规则是：一个基因相对另一个基因组同源基因的数量限制（repeat_number的参数，blast结果的过滤）。
• MCscan 的筛选规则是：任意两条染色体间（即点图中的一个小方块内部），一个基因相对另外一套染色体上的基因个数（默认为5，主要到 MCscan读取的是所有比对结果，并无类似repeat_number的过滤参数）。

• 具体体现到结果上，ColinearScan 提取的是前面点图中看到的片段，古老加倍的片段常常不如 MCscan 的完整。 MCscan 能够提取到更古老的片段，但会有较多不准确的片段被提取。

  
  

使用 wgdi （改进版的 ColinearScan）

获取参数配置

wgdi -icl ? >> total.conf

wgdi是改进后colinearscan程序，python编写，不需要c环境（有些慢）。

wgdi -icl >> total.conf

修改配置文件

vim total.conf

[collinearity]
gff1 = Grape.gff
gff2 = Grape.gff
lens1 = Grape.len
lens2 = Grape.len
blast = Grape.blastp
blast_reverse = False
evalue = 1e-5
score = 100
grading = 50,40,25
mg = 40,40
repeat_number = 20
positon = order
savefile = collinearity file

注意到，最近wgdi更新了，增加了process参数，支持多线程！
结果如下

写在最后

好的软件，总是持续更新。