论文
Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesity
https://www.nature.com/articles/s42255-022-00674-x#Sec58
s42255-022-00674-x.pdf
https://github.com/Osynchronika/sc_EC_obesity_atlas
大部分 作图的数据都有，可以试着用论文中提供的数据复现一下论文中的图
今天的推文我们复现一下论文中的figure2b 水平堆积柱形图并添加连线
image.png
示例数据如下
image.png
读取数据
library(readxl)
library(tidyverse)
dat<-read_excel("data/20230207/figure2b.xlsx")
dat
指定因子水平和配色
x_levels<-c("Prolif","EC-art","EC-cap1","EC-cap2",
"EC-lymph1","EC-lymph2","EC-ven","EC-venule","EC-ang")
fill.colors<-c("#f09004","#e30528","#f5aaad","#ef7b64","#7ec7bd",
"#63b32f","#527dbf","#8eb1de","#de2080")
堆积柱形图的代码
width<-0.4
dat %>%
pivot_longer(!group) %>%
mutate(name=factor(name,levels = c("Western","chow"))) %>%
mutate(group=factor(group,levels = rev(x_levels))) %>%
ggplot(aes(x=value,y=name))+
geom_bar(aes(fill=group),
stat="identity",
position = "fill",
width = width)+
scale_fill_manual(values = rev(fill.colors)) -> p1
p1
image.png
计算添加线段的位置坐标
dat[match(x_levels,dat$group),] %>%
mutate(x1=cumsum(chow/sum(chow)),
x2=cumsum(Western/sum(Western))) -> new.df
在p1的基础上添加线段并整体美化
p1+
geom_segment(data=new.df,
aes(x=x1,xend=x2,y=2-width/2,yend=1+width/2),
lty="dashed",
color="gray",
size=1)+
theme_classic()+
scale_x_continuous(position = "top",
expand = expansion(mult=c(0,0)),
breaks = seq(0,1,by=0.1),
labels=c(0,"",20,"",40,"",60,"",80,"",100))+
theme(axis.ticks.y = element_blank(),
panel.grid.major.x = element_line(),
axis.title = element_blank(),
plot.title = element_text(hjust=0.5),
axis.text.y = element_text(face="bold",size=25),
legend.title = element_blank())+
labs(title="Percentage of cells per cluster")
image.png
论文中的Figure2d也是同样的图，可以自己试试用上面的代码是否能够做出来
这个整体的配色也挺好看的，可以作为自己论文配色的备选
示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取
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