QUAST安装与试用


[TOC]


安装环境

Ubuntu18.10
quast-5.0.2


安装

./setup.py install_full

ERROR! setuptools is not installed or outdated!

You can install or update setuptools using
pip install --upgrade setuptools (if you have pip)
or
sudo apt-get install python-setuptools (on Ubuntu)

You may also use old-style installation scripts: ./install.sh or ./install_full.sh

In case you have troubles running QUAST, you can write to quast.support@cab.spbu.ru
or report an issue on our GitHub repository https://github.com/ablab/quast/issues
Please provide us with quast.log file from the output directory.

安装时出现这个问题

pip3 install --upgrade setuptools

安装插件之后,还是这个问题。
我觉得应该是默认用了python2的pip,而不是python3的pip3,所以判定没安装。
所以使用./install_full.sh这个老版本安装方式。
我改了ubuntu默认的python版本,现在输入python --version显示版本是3.6.7了。

sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install -y pkg-config libfreetype6-dev libpng-dev python-matplotlib
sudo ./setup.py install_full

安装之后似乎自动test有错误,可能是python版本问题,但是运行程序没问题。


试用

手册:
http://quast.bioinf.spbau.ru/manual.html#sec2

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容