疫苗首先应该是对人体无害的。有一些待选疫苗会产生“抗体依赖性免疫增强反应”的危险。一般情况下，人体内的抗体会抵御病毒，让它们无法感染细胞，然而在有些情况下，抗体会扮演“特洛伊木马”角色，协助病毒入侵细胞，提高感染率，这就是“抗体依赖性免疫增强”现象。
有研究称，SARS病毒疫苗在猴子试验中发现了这种副作用。当猴子接种了表达SARS病毒刺突糖蛋白的重组疫苗后，再被这种病毒感染，急性肺部损伤反而会加重。
目前进入临床试验的几种疫苗一般都已经通过了安全性的测试。例如，中国军科院主导研制的疫苗采用腺病毒作为载体。腺病毒是一种没有包膜的DNA病毒，从上世纪六十年代开始用做疫苗制备以来，很少报告不良反应，被长期应用证明是一种安全可靠的病毒载体。
