1. 官网
https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/
TaxonKit
2. GitHub
https://github.com/shenwei356/taxonkit
3.0 Reference
Note: Reference主要包括以下几个文件
names.dmp,nodes.dmp,delnodes.dmp,merged.dmp等
下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/
下载文件名：taxdump.tar.gz
3. taxonkit lca (lowest common ancestor)
计算一组
TaxID的共同最近的ancestor TaxID
taxonkit lca -D -U -s "," --threads 10 --data-dir path/to/reference taxid.file -o output.name
-D: 忽略Deleted的TaxID
-U: 忽略Unfound的TaxID
-s: 用来指定分隔符，默认是空格
-o: 用来指定输出文件名
--data-dir:reference所在目录
taxid.file:TaxID 文件；用来计算lca的一组TaxID应该放在同一行，只能使用空格分隔；不同组放在不同的行
Note: 每组的TaxID的lca结果放置在这组TaxID的最后
taxonkit lca
4. taxonkit list
给出一个
TaxID的所有子 TaxID
taxonkit list --ids taxid -n -r --indent " " --data-dir /path/to.reference
--ids: 后跟TaxID
-n: 展示TaxID对应的name
-r: 展示TaxID对应的rank
taxonkit list
5. taxonkit lineage
列出
TaxID所属的所有Rank，只是向上追溯，功能与taxonkit list形成互补
taxonkit lineage --data-dir path/to/reference -R -t -n -r taxid.file
-R: 展示所有Rank的name
-t: 展示所有Rank的TaxID
-n: 展示scentific name
-r: 展示所有Rank的级别
taxid.file: 注意每个TaxID放在一行
6. taxonkit reformat
重新整理输出的
Rank的结果，一般跟在taxonkit lineage后面使用
taxonkit lineage --data-dir path/to/reference taxid.file | taxonkit reformat -r "Missed_Rank" -f "{k}\t{p}\t{c}\t{o}\t{f}\t{g}\t{s}" --data-dir path/to/reference|awk -F "\t" 'BEGIN{print "TaxID""\t""Kingdom""\t""Phylum""\t""Class""\t""Order""\t""Family""\t""Genus""\t""Species"}{print $1"\t"$3"\t"$4"\t"$5"\t"$6"\t"$7"\t"$8"\t"$9}'
-r "Missed_Rank": 对每个TaxID来说，缺少的Rank用Missed_Rank来代替
Note : 最小一级的名称是当前
TaxID所代表的名称，后面的都会用Miss_Rank来补齐
输出结果：
输出结果
