2022-05-20分享代码-批量更改fa文件序列名称的python代码

在构建进化树的时候，许多基因名称都特别的长，做出来的进化树特别丑，像这一种

图片.png

这篇文章分享一个脚本，可以批量更改每个基因的名称~

#!/usr/bin/env python
import sys,re

in1=open(sys.argv[1],'r')
out=open(sys.argv[2],'w')

num=0
for eachline in in1:
    m=re.match(">",eachline)
    if m:
        num+=1
        out.write(">AP%s\n"%(str(num)))#将>后的字符更改为AP+数字
    else:
        out.write(eachline)

in1.close()
out.close()

结果如下

图片.png

大家有更好的方法，欢迎分享~