linux如何安装软件
软件管理--Miniconda
conda.png
可以搜索到90%以上的软件。
conda介绍
它是涵盖许多领域的软件管理器。
如何下载Miniconda
- 检索“miniconda清华”
-
打开服务器，进入biosoft
进入biosoft.png - 下载miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
miniconda下载.png - 上述方法失败则如下操作
输入代码
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
miniconda下载2.png
激活：source ~/.bashrc
下载成功.png
使用conda
- 查看软件列表
conda list - 搜索软件
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y
-y 表示自动安装
fastqc=0.11.7 表示指定版本
安装软件.png - 卸载软件
conda remove fastqc -y
拓展
conda 环境
针对不同分析项目（转录组、基因组）定制不同的分身。
- 查看目前的环境：
conda info --envs
带*的为默认 - 创建分身
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
名为rnaseq的环境，自动安装软件fastqc及 trimmomatic，指定python的版本。 - 查看当前环境
conda info --envs - 激活新环境
conda activate rna-seq
