元代时期，葛沽地处海口附近，负河带海，水网纵横，且因当地物产丰厚（尤其是海盐），在海河南岸已成为津沽地区重要的南粮北盐集散之地。那时，在葛沽的海河岸边，由东到西排列着十几个大大小小的码头，其中有漕运码头、盐运码头、海运码头、军用码头、渔行码头、摆渡码头等，岸上建有船栈、盐坨、仓库。明朝葛沽文人记载，葛沽开通漕运是在中统二年（1261年），当时葛沽附近驻扎海防军（后来明清时期，又建葛沽海防大营）。那时因北方粮食缺乏，漕船大部分为葛沽海防大营运送军粮或外运海盐，海河南岸有储存军粮的专用船栈。从河海往来的船队年年将南方土产商货（如丝织、纸张、桐油及百货用品）和北方的土产（多以食盐为主），穿梭般运输到大江南北。
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元代开通海运后，随着海运通航，妈祖信仰也传到津沽一带。特别是在当时航运发达的葛沽地区，对妈祖娘娘的信仰更加虔诚。据葛沽明代文人谭封函所著文集《沽水沉沙》记载，至元十八年（1281年），朝廷册封妈祖林默为“护国名著天妃”，并昭示天下。至元十九年（1282年）春，葛沽始建鱼骨庙，供奉天妃娘娘林默娘。鱼骨庙坐落于邓岑子村，以鱼骨化石为梁，故称鱼骨庙。因其塑像以圆鱼骨（巨龟之甲）为座，又称双骨庙。鱼骨庙背靠高低起伏的贝壳沙丘，挑檐翘角，屋脊高耸，四脊高挑像鼻角，角下风铃随风摆动，叮当悦耳。透过低矮农舍远望去，似飞悬楼阁。鱼骨庙楹联是，“百年鱼骨为梁架，千载龟髓负至尊”。传说是康熙三十三年五月，康熙帝在天津府巡盐场，探海口，到此庙时所题。进得庙来，只见迎面排满槅扇，不见墙体，东西山墙上各开一圆窗。最感神秘的，是神像旁的一口古井，传说是可通渤海的海眼，海潮涨，泉水溢。因是海水，所以苦不堪饮。井口空黑深邃，看不见井水，侧耳听去，井内风吟如潮。庙前两侧各竖一大旗杆，右面大旗上绣着“天妃娘娘庙”，左面大旗上绣着“护国名著天妃”。神殿墙壁上绘着妈祖娘娘海上救难的传说，大殿迎面匾额书“护国名著天妃”。
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庙宇竣工后，当地社火花会热闹祭祀了七天，附近各村花会也到鱼骨庙会演，几天里，爆竹鞭花，响彻云天。葛沽养船大户高家，还在河上组拼船只，点上一串串彩灯，搭棚在船上演唱渔火大戏，戏名《海神》，内容从林默娘出世到西王母封她为海神，剧中人物有西王母、霹雳赤发大仙、林默、海龙王、渔夫等角色，戏剧为高氏家族自编自演，引得众人观看。过去船民在每年冰雪封河以前，停止海运，要等到来年农历二月十九日才出海。鱼骨庙建成后，每到来年启船时，船民们都要张灯结彩，燃放鞭炮，敲锣打鼓，焚香敬拜海神娘娘和白衣大士，祈佑行船平安，然后才登船出海。出海平安归来，仍要拜谢妈祖娘娘和白衣大士，有的还专门请戏班子为天后娘娘唱戏答谢。
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至元十九年（1282年）后，为方便祭祀妈祖娘娘，葛沽一带渔民专门修建了一条由葛沽通往邓家岑鱼骨庙的大道，名叫海神庙道。鱼骨庙自元初建成后，于明清两代多次修缮或重建，最初庙为单楹，后乾隆年间扩建，道光年间因鱼骨梁断裂而塌毁。此时因葛沽镇内已建海神庙，所以鱼骨庙就没有再修复。
天津府志及县志均有记载，“鱼骨庙在邓家岑，庙只一楹鱼骨为屋脊，中塑神像以圆鱼骨为座，座旁有泉不堪饮。”鱼骨庙成为天津最早祭祀妈祖娘娘的古庙之一而载入史册。
