文章信息

• 题目：Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family
• 期刊和时间：Cell，2021.8.24
• 作者：刘山林等
• 单位：中国农业大学等

研究背景

• 犀牛亚科现存的五个物种全部濒临灭绝
• 犀牛角可作为传统的中药材
• 犀牛体型仅次于大象
• 没有可靠的演化历史被推演出来：
  因为更新世之前犀牛类群发生过大规模物种灭绝，所以缺乏生物类群的连续性，现生犀牛代表物种的角与其地理分布范围存在一定矛盾，比如亚洲苏门答腊犀牛和非洲犀牛都是双角，其他亚洲犀牛是单角。

研究结果

1、演化历史

• 系统发育和分歧时间

  
  
  Figure 2A

注意：相关分析方法：1、将基因组划分成很多100kb的窗口，分别构建基因树，然后整合成全基因组的物种树

• 基因流

  
  
  Figure 2BC
  
  

  图片表示4，7枝更近，8，9枝更近的结果是不绝对的，因为也有一些基因树支持4，9枝更近，7，8枝更近，或者4，8枝更近，7，9枝更近。

注意：（1）当各基因树存在显著的系统发育不一致时，提示物种间可能存在基因流或者ILS（incomplete lineage sorting）；（2）用于构建基因树的序列内有重组断点可能会影响系统发育结果？所以作者还从每个100kb的滑动窗口内随机选取了5kb重新用于建树，以确认基因树确实不一致；（3）ILS可能是与genetic dirft相关的？作者在带有ILS的genetic drift的假设下进行了模拟，模拟结果与实验结果有差异时，他认为ILS和基因流共同造成了系统发育树的不一致；（4）D-statistics方法好像能区分基因流和ILS？

个人想法： 好像通过系统发育，分歧时间，分布区域和基因流等结果就能推测出物种的演化历史。所以，如果想研究某个物种的演化历史就应该先做这四个分析。

2、低的遗传多样性

Figure 3

3、群体历史和mutational load

Figure 4

Figure 5

注意：（1）先前有研究表明长时间低水平的群体大小会清除有害突变，并保持低的遗传多样性；（2）ratios of loss-of-function (LoF; generally highly deleterious) versus synonymous mutations能反应mutational load