多重序列比对是对三个以上的生物学序列所作的序列比对。利用ClustalX可以进行多重序列比对，结合GeneDoc可绘制出漂亮的多重序列比对图，满足高质量期刊的要求。

1、ClustalX进行多重序列比对

①首先，打开ClustalX，依次在菜单栏选择“File”-“Load Sequences”导入我们的目的序列（fas格式）。

②然后进行完全比对，依次选择“Alignment”-“Do Complete Alignment”

③选择保存路径，点击“OK”。一般默认生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd文件，可以用“记事本”打开。

④由于*.aln和*.dnd这两个文件的可读性不是太好，因此我们需要将文件保存成*.msf文件绘制多重比对效果图。依次点击“File”-“Save Sequences as”，然后选择“GCG/MSF format”，将多重序列比对结果保存成msf文件。

2、GeneDoc绘制序列多重比对图

①打开ClustalX比对后保存的msf文件，依次选择“File”-“Open”，导入文件。

②点击“Project”-“Configure”，修改“Points”可以改字体大小，进而改变图片大小。

③点击“Project”-“Edit Sequences List”，可以修改序列名称或者氨基酸序列的顺序。

双击序列名称可以对其进行修改，“Move Up”和“Move Down”可以上下调整序列位置。

④ 多重序列比对图片导出，点击“Edit”-“Select Blocks for Copy”。

然后选择要导出的序列，序列背景变成黑色。

然后再点击“Edit” -“Copy Select Blocks to”-“MetaFile”，即可直接复制得到多重序列比对的图片。

GeneDoc还可以对图片进行美化，具体操作以及其它功能将在接下来继续为大家整理。