多重序列比对是对三个以上的生物学序列所作的序列比对。利用ClustalX可以进行多重序列比对，结合GeneDoc可绘制出漂亮的多重序列比对图，满足高质量期刊的要求。
1、ClustalX进行多重序列比对
①首先，打开ClustalX，依次在菜单栏选择“File”-“Load Sequences”导入我们的目的序列（fas格式）。
②然后进行完全比对，依次选择“Alignment”-“Do Complete Alignment”
③选择保存路径，点击“OK”。一般默认生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd文件，可以用“记事本”打开。
④由于*.aln和*.dnd这两个文件的可读性不是太好，因此我们需要将文件保存成*.msf文件绘制多重比对效果图。依次点击“File”-“Save Sequences as”，然后选择“GCG/MSF format”，将多重序列比对结果保存成msf文件。
2、GeneDoc绘制序列多重比对图
①打开ClustalX比对后保存的msf文件，依次选择“File”-“Open”，导入文件。
②点击“Project”-“Configure”，修改“Points”可以改字体大小，进而改变图片大小。
③点击“Project”-“Edit Sequences List”，可以修改序列名称或者氨基酸序列的顺序。
双击序列名称可以对其进行修改，“Move Up”和“Move Down”可以上下调整序列位置。
④ 多重序列比对图片导出，点击“Edit”-“Select Blocks for Copy”。
然后选择要导出的序列，序列背景变成黑色。
然后再点击“Edit” -“Copy Select Blocks to”-“MetaFile”，即可直接复制得到多重序列比对的图片。
GeneDoc还可以对图片进行美化，具体操作以及其它功能将在接下来继续为大家整理。
