String网址:https://string-db.org/
STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库,这种作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用,也包括蛋白质之间间接的功能相关性
除了实验数据外,STRING还包括了利用其它生物信息学方法预测得到的结果。该系统利用一个打分机制给予这些信息一个权重,并给出一个综合的打分。
STRING数据库
点击SEARCH后会跳转到一个检索界面
检索界面
在这个界面,我们可以使用蛋白的名称或序列对我们需要的蛋白质进行检索,也可以对多个蛋白或序列进行检索(见上图左侧边栏)。下方的Organism文本框支持自动补全,如键入
homo s
就会自动识别为Homo sapiens
。点击SEARCH就可以开始检索了。
STRING检索结果
以TP53为例,第一个候选项即为我们要找的蛋白。点击CONTINUE就可以显示该蛋白的互作信息。
互作信息
如图,STRING已经显示了TP53与其他蛋白之间的互作关系。点击图像中的节点可以显示基因的详细信息。
基因信息
下方的按钮提供了一些设置、分析的功能以及信息的说明。
- Viewers:更改图形的样式
- Legend:提供节点、边、蛋白质及其得分等信息
- Settings:对于图形的设置,可以调整边的含义,按得分筛选节点,定制图形的样式、修改图片格式等。修改完成后点击UPDATE更新。
- Analysis:这部分包含两块内容,一块是网络的统计数据,包括边和节点的数量等,另一块是对于网络的各种富集分析的结果,这些结果均可下载(在页面的最底部)。
- Export:以特定格式导出网络,包括图像、表格、XML等,既可以生成可直接使用的结果,也可以导入其他软件(如Cytoscape)进行处理。
- Cluster:对网络中的所有节点进行聚类,支持K-Means和MCL两种聚类方式。