安装hdf5r包时报错:
checking for h5cc... no
checking for h5pcc... no
checking for HDF5 libraries... no
搜了一下,将hdf5/bin下的文件软连接到/usr/local/bin
for f in /usr/local/hdf5/bin/* ; do ln -s $f /usr/local/bin ; done \
总算能找到h5cc了,但还是报错:
libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory
查了下好像是LD_LIBRARY_PATH环境变量的问题
在~/.bashrc中修改无效,
于是尝试在R中修改:
a <- Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
a <- paste0(a,':/usr/local/hdf5/lib/') # 我的libhdf5_hl.so.100路径位置
Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=a)
这样也不会修改全局的环境变量。
这样修改完后总算安装成功了,但如果在R中
library(hdf5r)
还是会报错:libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory
哭了,最后又搜了一下,使用以下方法成功解决
sudo vi /etc/ld.so.conf
# 给文件中添加一行:/usr/local/hdf5/lib
sudo ldconfig
再回到R中library(hdf5r),成功解决!!!
参考
https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/106537556